مردان خدا پرده ی پندار دریدند               یعنی همه جا غیر خدا هیچ ندیدند

هردست که دادند همان دست گرفتند           هرنکته که گفتند همان نکته شنیدندبعد از شهادت برادرش حمید و برخی از یارانش، روح در کالبد ناآرامش قرار نداشت و معلوم بود که به زودی به جمع آنان خواهد پیوست. پانزده روز قبل از عملیات بدر به مشهد مقدس مشرف شد و با تضرع از آقاعلی‌بن موسی‌الرضا(ع) خواسته بود که خداوند توفیق شهدت را نصیبش نماید. سپس خدمت حضرت امام خمینی(ره) و حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رسید و با گریه و اصرار و التماس درخواست کرد که برای شهادتش دعا کنند.
این فرمانده دلاور در عملیات بدر در تاریخ 25/11/63، به خاطر شرایط حساس عملیات، طبق معمول، به خطرناکترین صحنه‌های کارزار وارد شد و در حالی که رزمندگان لشکر را در شرق دجله از نزدیک هدایت می کرد، تلاش می‌نمود تا مواضع تصرف شده را در مقابل پاتکهای دشمن تثبیت نماید، که در نبردی دلیرانه، براثر اصابت تیر مستقیم مزدوران عراقی، ندای حق را لبیک گفت و به لقای معشوق نایل گردید.
هنگامی که پیکر مطهرش را از طریق آبهای هورالعظیم انتقال می‌دادند، قایق حامل پیکر وی، مورد هدف آرپی‌جی دشمن قرار گرفت و قطره ناب وجودش به دریا پیوست.
او با حبی عمیق به اهل عصمت و طهارت(ع) و عشقی آتشین به اباعبدالله‌الحسین(ع) و کوله‌باری از تقوی و یک عمر مجاهدت فی سبیل‌الله، از همرزمانش سبقت گرفت و به دیار دوست شتافت و در جنات عدن الهی به نعمات بیکران و غیرقابل احصاء دست یافت. شهید باکری در مقابل نعمات الهی خود را شرمنده می‌دانست و تنها به لطف و کرم عمیم خداوند تبارک و تعالی امیدوار بود. در وصیتنامه‌اش اشاره کرده است که: چه کنم که تهیدستم، خدایا قبولم کن.
شهید محلاتی از بین تمام خصلتهای والای شهید به معرف او اشاره می‌کند و در مراسم شهادت ایشان، راز و نیاز عاشقانه وی را با معبود بیان می‌کند و از زبان شهید می گوید:
خدایا تو چقدر دوست‌داشتنی و پرستیدنی هستی، هیهات که نفهمیدم. خون باید می‌شدی و در رگهایم جریان می‌یافتی تا همه سلولهایم هم یارب یارب می‌گفت.
این بیان عارفانه بیانگر روح بلند و سرشار از خلوص آن شهید والامقام است که تنها در سایه خودسازی و سیر و سلوک معنوی به آن دست یافته بود.